Cryptomator est un logiciel open source qui chiffre les fichiers avant leur envoi vers le stockage cloud. Vous créez un coffre (vault) dans un dossier que votre service cloud synchronise, par exemple Dropbox, Google Drive ou OneDrive, et Cryptomator le présente comme un lecteur virtuel. D'après le développeur, les fichiers et leurs noms sont chiffrés en AES et vous seul détenez la clé. Des applications existent pour Windows, macOS, Linux, Android et iOS. Cryptomator Hub est la variante pour les équipes et les organisations, avec gestion des accès et récupération des coffres.
Le logiciel est développé par Skymatic GmbH à Bonn, en Allemagne. L'application de bureau est publiée sous GPL-3.0 et existe aussi sous licence commerciale. Cryptomator s'exécute localement et ne stocke pas vos fichiers lui-même : le coffre chiffré se trouve chez le service cloud que vous choisissez. Une organisation européenne peut donc conserver des données chez un fournisseur américain tout en gardant la clé sous son contrôle. Le code source est public et peut être vérifié.