Cryptomator ist Open-Source-Software, die Dateien verschlüsselt, bevor sie in den Cloud-Speicher gelangen. Sie legen einen Tresor (Vault) in einem Ordner an, den Ihr Cloud-Dienst synchronisiert, etwa Dropbox, Google Drive oder OneDrive, und Cryptomator zeigt diesen Tresor als virtuelles Laufwerk an. Dateien und Dateinamen werden laut Entwickler mit AES verschlüsselt, und nur Sie verwalten den Schlüssel. Apps gibt es für Windows, macOS, Linux, Android und iOS. Cryptomator Hub ist die Variante für Teams und Organisationen, mit Zugriffsverwaltung und Tresor-Wiederherstellung.
Entwickelt wird die Software von der Skymatic GmbH in Bonn, Deutschland. Die Desktop-Anwendung steht unter der GPL-3.0 und ist zusätzlich unter einer kommerziellen Lizenz erhältlich. Cryptomator läuft lokal und speichert Ihre Dateien nicht selbst: Der verschlüsselte Tresor liegt beim Cloud-Dienst Ihrer Wahl. Eine europäische Organisation kann Daten daher auch bei einem US-Anbieter ablegen, während der Schlüssel in eigener Hand bleibt. Der Quellcode ist öffentlich und überprüfbar.