e-Boekhouden is een Nederlands online boekhoud- en factureerprogramma voor zzp'ers en kleine ondernemers, verenigingen en stichtingen, en voor boekhouders en administratiekantoren die meerdere klantadministraties vanuit één omgeving beheren. Met de functie Autopilot worden inkoopfacturen en bonnen automatisch als boekingen verwerkt. Verder biedt het pakket facturen, offertes en klantenbeheer, koppelingen met banken, webwinkels en kassasystemen, voorbereiding van de btw-aangifte met een directe verbinding naar de Belastingdienst, ledenadministratie, urenregistratie en een digitaal archief. De dienst is online beschikbaar via een webomgeving en mobiele apps voor iOS en Android.
Volgens een externe samenvatting is het pakket onderdeel van SkillSource B.V. in Geldrop. Dezelfde bron meldt, op basis van de servicevoorwaarden, dat de servers in datacenters in Amsterdam, Eindhoven en Den Bosch staan en dat gegevensverwerking tot de Europese Economische Ruimte is beperkt. Op de eigen website van e-Boekhouden staat geen hostinglocatie. e-Boekhouden is propriëtaire software. Vraag voor een formele beoordeling de verwerkersovereenkomst en de lijst van subverwerkers op.