Qubes OS est un système d'exploitation libre et open source destiné à un seul utilisateur sur un poste de travail, axé sur la sécurité par compartimentation. Reposant sur l'hyperviseur Xen, chaque activité s'exécute dans sa propre machine virtuelle, un qube, par exemple pour le travail, le privé, le réseau ou le pare-feu. Les qubes peuvent faire tourner Fedora, Debian ou Windows, portent des niveaux de confiance signalés par des bordures colorées et peuvent être jetables. Les cartes réseau et les contrôleurs USB sont isolés. Le système vise les personnes ciblées, comme les journalistes, militants et chercheurs, et les utilisateurs avancés. Vous installez Qubes OS sur votre propre matériel.
Le logiciel est open source, principalement sous GPL v2. Il est développé par le Qubes OS Project, avec Invisible Things Lab comme partenaire. Fonctionnant localement sans service cloud, il laisse vos données et vos clés sur votre propre équipement. La documentation note qu'une expérience Linux peut aider, et le projet se décrit comme un système raisonnablement sûr.