Qubes OS is een vrij en open-source besturingssysteem voor één gebruiker op een desktopcomputer, gericht op beveiliging door compartimentering. Op basis van de Xen-hypervisor draait elke activiteit in een eigen virtuele machine, een qube, bijvoorbeeld voor werk, privé, het netwerk of de firewall. Qubes kunnen systemen als Fedora, Debian of Windows draaien, hebben vertrouwensniveaus die met gekleurde vensterranden zichtbaar zijn en kunnen als wegwerpexemplaar worden aangemaakt. Netwerkkaarten en USB-controllers worden geïsoleerd. Het systeem richt zich op mensen die gericht worden aangevallen, zoals journalisten, activisten en onderzoekers, en op ervaren gebruikers. Qubes OS installeert u op eigen hardware.
De software is open source, hoofdzakelijk onder GPL v2. Ontwikkeling gebeurt door het Qubes OS Project, met Invisible Things Lab als partner. Omdat het systeem lokaal draait en geen clouddienst vereist, blijven uw data en sleutels op uw eigen apparatuur. De documentatie merkt op dat Linux-ervaring helpt, en het project omschrijft Qubes zelf als een redelijk veilig besturingssysteem.