Whonix ist ein auf Datenschutz ausgerichtetes Betriebssystem, das den gesamten Internetverkehr über das Tor-Netzwerk leitet. Es basiert auf der gehärteten Linux-Distribution Kicksecure und läuft als Satz virtueller Maschinen: ein Gateway, das die Tor-Verbindungen abwickelt, und eine getrennte Arbeitsstation, auf der die Anwendungen laufen. Whonix lässt sich mit VirtualBox, KVM oder Qubes OS betreiben, und die Website stellt Installationsmedien für Windows-, Linux- und macOS-Systeme bereit. Der Schwerpunkt liegt auf Anonymität und der Isolation von Aktivitäten.
Der Quellcode von Whonix steht unter OSI-anerkannten Lizenzen. Hinter dem Projekt steht Encrypted Support LLC; laut Impressum ist sie eine Serie der OTOCO RMI LLC mit Sitz auf den Marshallinseln und damit außerhalb der EU. Da Whonix auf der eigenen Hardware oder in lokalen virtuellen Maschinen läuft, kann eine Organisation es selbst installieren und prüfen. Die Abhängigkeit von einem Anbieter außerhalb der EU für Releases und Sicherheitskorrekturen bleibt der wichtigste Punkt.