Whonix est un système d'exploitation axé sur la vie privée, qui fait passer tout le trafic internet par le réseau Tor. Il repose sur la distribution Linux renforcée Kicksecure et fonctionne sous forme de machines virtuelles : une passerelle qui gère les connexions Tor et une station de travail séparée où s'exécutent les applications. Whonix peut être utilisé avec VirtualBox, KVM ou Qubes OS, et le site propose des supports d'installation pour Windows, Linux et macOS.
Le code source de Whonix est publié sous des licences approuvées par l'OSI. Selon les mentions légales, le projet est porté par Encrypted Support LLC, une série de OTOCO RMI LLC dont le siège se situe aux Îles Marshall, hors de l'Union européenne. Comme il fonctionne sur le matériel de l'utilisateur ou dans des machines virtuelles locales, une organisation peut l'installer et l'examiner elle-même. Dépendre d'un éditeur hors de l'UE pour les versions et les correctifs reste le principal point à considérer.